基于操作应用层面的医院流程管理包含两个基本思想：一是识别哪些环节是流程的关键，并使之尽量简洁有效；二是必须扬弃枝节。作业流程重组要求对原有的体系和部门进行完全彻底的改造，以形成更有效率的工作程序，但医院里的实施力度比在企业中温和得多。大部分医院进行的工作或者并没有改变它们原有
的体系结构，或者只在几个部门进行了改造。
　　在国外，美国俄亥俄州立大学医学中心首先是基于医学中心的目标确定了关键流程，然后优先处理这些方面，开始业务流程重组。重组重点在于提高病人满意度、减少成本和提高临床服务质量。Massachusetts州立医院为减少拥挤和急诊病人等待时间重组了急诊部门。医院在急诊科建立“床边检测”(point-of-caretesting，POCT)辅助实验室后，病人平均周转时间下降了87％，急诊病人等待时间平均减少了41.3分钟，病人满意度与只有中心实验室时相比有大幅提高。英国伦敦的Hillingdon医院在医疗服务流程再造中，将血液检查从原来由中心化验室进行改为在患者所在的临床科室进行，使等待时间大为缩短。再造后得到一个血液检查结果的时间从原来平均1天缩短为5分钟。美国宾夕法尼亚州的Beaver医学中心，成功地在医院管理领域应用流程管理，对住院患者实施以患者为中心的医疗护理模式。印度亚拉文医院是世界上规模最大的眼科专科医院之一，该院重组优化门诊系统，提供一站式人性化服务的模式，尽管门诊量大，但秩序井然，医疗资源配制合理。
　　从90年代末开始，我国的医院也开始注重对医院流程实施流程再造，将流程管理理念应用于医院，据文献显示，国内最早将BPR、BPM引入医院的是1999年北京医科大学的马谢民等人。
　　首先，BPM主要被应用于医院核心流程，即医疗、护理、医技等实现医院日常功能的流程之中，如门诊(急诊)流程、住院(手术)流程、医技检查、检验流程。通过分析流程的现状及存在的问题，在转变观念、转变经营战略的基础上，确定重组的目标，对现有流程进行重新整合，建立以患者为中心的医疗服务体系。
　　其次，近2年以来，有关设备采购、维修，后勤物资供应以及药品采购、库存等方面的流程设计、优化的文献才有报道并呈增加趋势，实施BPM的目标主要以降低成本、提高流程效率为主。BPM在医疗核心流程及保障流程中的应用必然将促进BPM在医院管理流程中的运用。医院管理流程作用是保障医疗核心流程正常、有效运行，调动规范医疗保障流程灵活有序运作，提供协调、服务、管理和评价，为医院的可持续发展提供保证，逐步实现由职能化管理模式向流程管理模式的转变